Add "clear interrupt on write 1 to flag" function to avr_ioport.c
and some code to test it in atmega168_ioport.c and friend.

Make the 2560 PORTE/0 pin change interrupt visible as it mostly works.
Add the missing pin change interrupts for 1280 and 1281.

In avr_ioport.[ch], fix multiple causes (but not all) of
mis-triggering of pin change interrupts including upstream issue #343:
Pin change interrupts incorrectly fire when a timer compare event occurs.
Other causes are initial setting of DDR and the AVR_IOPORT_OUTPUT bit.

Move the mask and shift data for ATmega2560 into the ioport structure.

Add a test for pin change interrupts.

Fixes for ATmega2560 and friend:
  enable pin change interrupts on PORTK;
  conditionally enable pin change interrupts on PORTE/0 - shared with PORTJ;
  run the ACOMP initialisation function;
  add close relative ATmega2561.

Correct test failue caused by previous change: Do not set filter flag
as handlers for IOPORT_IRQ_REG_PIN ...
(bad35c24b7456ad5a0e446cff7066680dfaff42e).

Do not set filter flag as handlers for IOPORT_IRQ_REG_PIN should be
called on every read of the port pins, so they can set new values.

Clarify comment.

Add a test for basic port functions and fix problems found.
avr_extint.c: prevent spurious interrupts.
avr_ioport.c: allow calling program to control value read from PIN.

Merge pull request #401 from vintagepc/Fix-TWI-status-delay

Fix high speed TWI delay calcs and ACK bug (#137)

Merge pull request #413 from bsekisser/sim_regbit_clear_check_valid_reg

Remove kludge "avr_uart_regbit_clear" from uart

Merge pull request #410 from akosthekiss/make-tests

Test-related maintenance

Merge pull request #412 from bsekisser/avr_regbit_h_file_format_corrections

Formatting and style corrections to avr_regbit.h

Merge pull request #411 from bsekisser/uart_raise_udr_raised_with_tx_enable

Set udre flag when (re)enabling uart transmitter.

Merge pull request #407 from akosthekiss/gitignore-maintenance

List git-ignored executables in one place

Merge pull request #405 from akosthekiss/update-fix-manual

Update/fix manual

Merge pull request #396 from akosthekiss/makecommon-avrgcc-verbose

Ensure that verbosity is applied in avr-gcc recipes

Merge pull request #397 from akosthekiss/remove-exec

Remove execute permission from source and header files

Merge pull request #409 from akosthekiss/button-release

Add support for non-auto release to button

fixup

Remove kludge "avr_uart_regbit_clear" from uart

modified:   sim/avr_uart.c

Change use of kludge function avr_uart_regbit_clear to avr_regbit_clear.

modified:   sim/sim_regbit.h

Add check that avr_regbit_clear was passed a valid existing register.

Formatting and style corrections to avr_regbit.h

Set udre flag when (re)enabling uart transmitter.

modified:   sim/avr_uart.c

Previously, disabling the uart transmitter cleared the udrc
interrupt and cleared the udre (udrc.raised) flag.  Upon
reenabling the transmitter, the udre flag is still clear
signifying the buffer is full, thus waiting for the udr to
clear via udre flag hangs.

Test-related maintenance

- Ensure that make reports an error if any of the tests fail
- Don't duplicate compilation commands only for the sake of
  verbosity control
- Simplify recipe for .tst files
- Drop outdated and unnecessary .gitignore from tests directory
- Add the execution of tests to Travis CI

Add support for non-auto release to button

This allows better control of key press length, if needed.

To minimize negative effect on existng code, if the duration
argument of button_press is non-zero, functionality is kept as is
(i.e., using auto-release). If duration is set to zero, then button
will have to be explicitly released using a new API function,
button_release.

If simulation uses GLUT, it may make use of glutKeyboardUpFunc and
glutIgnoreKeyRepeat (in addition to glutKeyboardFunc found in
existing examples) to have more exact control over button presses
and releases.

List git-ignored executables in one place

Update/fix manual

- Updated GitHub repository links.
- Removed the requirement for a German babel language definition
  file.
- Commented out missing references (citations of external manual
  and references to non-existing sections).
- Added a .gitignore file to the directory of the manual to help
  git disregard temporary latex files.

Partial for TWI fixes (#137)

Remove execute permission from source and header files

Ensure that verbosity is applied in avr-gcc recipes

Merge pull request #393 from vintagepc/Timer_PWM2

Support 3rd PWM pin on timers with OCRxC

Merge pull request #392 from vintagepc/SPI-clock-rates

Clock out SPI data according to SPCR/SPSR

Support 3rd PWM pin on timers with OCRxC

Requested changes

Clock out SPI data according to SPCR/SPSR

Merge pull request #390 from vintagepc/unaligned-PCINTs

Support for non-aligned PCINTs

Merge pull request #389 from vintagepc/fix-adcs-over-7

Fix ADCs>7

Fix PCINT on PORTJ for 2560

Fix ADCs>7

Merge pull request #384 from msquirogac/fix-370

Support for GDB monitor commands

Tweaked spacing from PR

gdb monitor command clean-up

new gdb commands kill, detach and monitor
monitor parser engine supports reset and halt

Merge pull request #319 from uffejakobsen/uart_tap_symlink

Symlink for UART tap was never created during uart_pty_connect()

Merge pull request #377 from msquirogac/fix-375

Update of the display_usage function.

Merge pull request #379 from msquirogac/fix-378

used attribute for _MMCU_ , should avoid dropping the .mmcu section

used attribute for _MMCU_ , should avoid dropping the .mmcu section
Fix for issue #285

Update of the display_usage function.
Some arguments changed name to make them more like the already existent ones.
Some arguments were merged to one to reduce redundant code.
Fix issue #375

Merge pull request #373 from simark/sram

Compare address with I/O end address in _avr_set_ram

Compare address with I/O end address in _avr_set_ram

In _avr_set_ram, we check if the address is smaller than `MAX_IOs + 31`
to know if it is a register or SRAM location.  In reality, many devices
have less I/Os than that, so the SRAM begins before this address.

As shown in issue #372, this causes watchpoints to not be triggered when
writing to an SRAM location that is smaller than `MAX_IOs + 31`.  For
example, a global variable on an atmega328 gets placed at address 0x100,
which is less than `MAX_IOs + 31`.

Fix this by comparing the address to the `ioend` property of `avr`.

Fixes #372

Merge pull request #361 from aldobrrrr/is-instruction-32-bits-mask-fix

Fix a bug in the bitmask inside _avr_is_instruction_32_bits() function in sim_core.c file.

Merge pull request #366 from becmer/musl-tests

Don't assign stderr on non-glibc

Don't assign stderr on non-glibc

Signed-off-by: Kamil Becmer <kamil.becmer@gmail.com>

Merge pull request #364 from aykevl/lldb

Add support for debugging with LLDB

Add support for debugging with LLDB

LLDB requires the qRegisterInfo packet to work correctly. While it is
possible to specify the registers manually using a Python script, having
them directly in the emulator simplifies things a lot.

Fix a bug in the bitmask inside _avr_is_instruction_32_bits() function in sim_core.c file.

Merge pull request #358 from jcvdev/gdb-tcp-port

Optionally specify TCP listening port for -g,--gdb option (default 1234)

Allow to optionally specify gdb listening port

Merge pull request #333 from edgargrimberg/edgar_Add_ATMega64M1

Add ATMega64M1

Merge pull request #352 from ZsoltSaskovy/to_be_merged_back

Minor fix to make code compile on Windows, and separated code and mcu_t structure for Mega2560

Moved mcu_t structure declaration into separate header file

Changed the order of winsock2 and windows includes. Wrong onder caused compilation errors under Windows

Merge pull request #346 from TomasHubelbauer/patch-1

Note that it is possible to install through Aptitude

Merge pull request #321 from endofexclusive/pr/do-not-mix-tab-and-space

Do not mix tab and space in --help output

Merge pull request #349 from helargus/vcd-325

#325 Converts timescale from vcd input to internal us.

Merge pull request #348 from thecky/master

added OC0A/OC0B support for attiny13

Converts timescale from vcd input to internal us.

added OC0A/OC0B support for attiny13

.com and .com_pin settings for timer0 in section .comp were missed

Note that it is possible to install through Aptitude

I've found that there is a maintainer who publishes SimAVR for Ubuntu here:
https://packages.ubuntu.com/bionic/simavr

Seems to be kept reasonably up-to-date (the latest there is 1.15 whereasy here on GitHub it is 1.16).
I know that maintainers do not always keep in contact with the software vendor so I would not be surprised to learn you were not aware of this. If you are okay with it though and consider it to be a legit enough source, I figure it's good to call that out in the README.

Add ATMega64M1

Signed-off-by: Edgar Grimberg <edgar.grimberg@visuray.com>

Merge pull request #311 from glitchub/master

Also search for /usr/lib64/librt.so

Merge pull request #320 from endofexclusive/pr/freebsd-misc

Make simavr build on Freebsd

Merge pull request #324 from hsoft/tiny-timer1

Fix timer1 on tinyx5

Fix timer1 on tinyx5

The prescaler list for timer1 on the tinyx5 was incomplete. Moreover,
having no WGM data made the timer run in `avr_timer_wgm_none`, with a
zero size (it would overflow all the time).

Setting a default wgm_op makes time timer run in normal mode witha size
of 8 bits.

Do not mix tab and space in help output

FreeBSD pty fixup

FreeBSD glut fixups

gettimeofday() prototype is in sys/time.h

Symlink for UART tap was never created during uart_pty_connect()

Also search for /usr/lib64/librt.so

Merge pull request #301 from aznoohwee/bugfix/polling-flag-within-isr

allow polling interrupt flag within ISR

reorder check to ensure that flag is allowed to be raised within ISR, but no nested IRQs occur

allow polling interrupt flag within ISR

Merge pull request #295 from myokaski/fix-uart-pty

Fix receiving after fifo overrun

Merge pull request #299 from aznoohwee/bugfix/atmega32U4-ramend

Fix atmega32u4 RAMEND

For #276 fix atmega32u4 RAMEND

Fix receiving after fifo overrun

After fifo overrun buffer_done remains less than buffer_len and
FD_SET(p->port[ti].s, &read_set) is not called. If firmware has nothing
to send, select always returns 0 and new data is never read even if
fifo buffer gets flushed.
This patch removes check for select timeout, so the remaining data in
buffer may go to fifo.

Merge pull request #294 from dougszumski/bugfix/gcc8_warnings

Forcibly null terminate input strings

Fix GCC 8 warning for input strings

As described in issue #293 GCC 8 fails the build in the current
configuration on warnings like:

sim/run_avr.c:193:4: error: ‘strncpy’ specified bound 128
equals destination size [-Werror=stringop-truncation]
    strncpy(f.tracename, argv[++pi], sizeof(f.tracename));

This isn't the only solution, but it get's the build working.

misc: Fix static analyzer warnings

Mostly intenting.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Merge pull request #291 from nspring/parts-install-separately

For RHEL 6.9 without glut: Parts install separately ; add rpath to rpath-link using RELEASE=1 ; appease gcc 4.6.1, use librt

Fix installation of examples/parts to occur within the
examplesbparts makefile rather than use the simavr
makefile, allowing installation of simavr (alone) on
machines without a working glut.

Fix RELEASE=1 option to additionally specify rpath (not
just rpath-link) if simavr will be installed in a special
directory.

Add detection and use of librt when available (e.g.,
RHEL 6.9).

Merge pull request #287 from dougszumski/feature/rotary_encoder_rebase_04_2018

Rotary encoder and demo board

Merge pull request #280 from dgeelen/dgeelen/wrap_memory_accesses

On actual hardware, memory accesses seem to wrap.

Merge pull request #282 from dgeelen/dgeelen/cmdline_vcd

Add support for configuring VCD traces from the commandline.

Add more white space around expressions.

Add more white space around expressions.

If() statements should be followed by a space.

parts: add rotary encoder demo board

This connects an LED bar up to an ATMega, and uses the
rotary encoder to scroll an LED up and down the bar.

parts: add rotary encoder part

Add a rotary encoder virtual part, based on the Panasonic
EVEP rotary encoder. This could easily be extended to virtualise
other rotary encoders.

Wrap long lines.

Merge pull request #275 from k3a/patch-1

Update Makefile