sim_hex: Only decrement maxlen in read_hex_string when a byte is added to the array

Without this fix, the output to the buffer would be limited to maxlen/2 bytes
instead of maxlen. It is obvious from the implementation that the latter
behavior is the expected one, so the function has been altered to reflect that.

Merge pull request #88 from anthony-morel/master

fifo: prevent potential misuse of _get_write_size()

fifo: prevent potential misuse of _get_write_size()

Using the number obtained from _get_write_size() and writing that many
items to the fifo yields to _isempty() becoming true and not to
_isfull() becoming true.

I got caught assuming the latter.

To avoid thinking about edge cases and prevent potential misuse of
_get_write_size(), I suggest that it returns one unit less, thus, a
number between 0 and (fifo_size-1).  E.g., if there is only one place
left in the fifo, i.e., _isfull() is true, it then returns 0, preventing
us to fill that place and get into a wrap overflow situation.

(Michel: Thanks for the great architecture you laid out and the great
code.)

Merge pull request #81 from dougszumski/ssd1306_demo

examples: Removed unused code in ssd1306 demo

Merge pull request #80 from dougszumski/avr_twi_bugfix

twi: Clear TWSTO bit after STOP condition transmitted

examples: Removed unused code in ssd1306 demo

twi: Clear TWSTO bit after STOP condition transmitted

> This change fixes a problem where a TWI driver polling the
  TWSTO bit would run on the real device but not simavr.

> More detail in for example p188 of the ATMega32A datasheet
  (rev 815D-AVR-10/2013).

Merge pull request #78 from dougszumski/i2c_eeprom_bugfix

parts: Bug fix for i2c_eeprom part

cores; 128rfr2, tiny84 and megax8, temp fix for bad arv-libc headers

Temporary, to make the build work. Seems the latest avr-libc in debian
is rather mangled.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Makefile: fix for OSX bash variable substitution

This was generating a bad config file

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

parts: Bug fix for i2c_eeprom part

    Fixes:

    > Part address and mask weren't set in i2c_eeprom_init. The
      virtual part responded to all addresses.
    > Mask required inverting to function as per the description in
      i2c_eeprom.h

Merge pull request #57 from bsekisser/avr-timer-as2-cs-mode

avr_timer: refactor avr_timer_write and avr_timer_reconfigure

Merge pull request #77 from dougszumski/ssd1306_demo

New part & example for a SSD1306 OLED driver

examples: Added SSD1306 example board

atmega32_ssd1306.c  Example avr firmware
ssd1306.* SSD1306 avr driver
images.* simavr logo used in example firmware
ssd1306demo.c simavr demo for ssd1306 part

parts: Added SSD1306 OLED driver virtual part

avr_timer: refactor avr_timer_write and avr_timer_reconfigure

avr_timer_reconfigure: calculations moved back in call chain to
 avr_timer_write.

avr_timer_configure: use data processed in avr_timer_write.

avr_timer_init: changed to fully trap writes going to as2,
 clock select bits and waveform generation mode bits.

modified:   ../../simavr/sim/avr_timer.c
modified:   ../../simavr/sim/avr_timer.h

avr_timer: remove as2 timer check.

modified:   avr_timer.c

Merge pull request #70 from cardoe/flash-fix

flash: Add support for TEMPPAGE writing.

Update README.md

Lots of cores were missing in the readme

make: Link libelf in libsimavr.so.1 target

The build (sometimes) fails if libsimavr.so.1 is not linked with
libelf (see https://bugs.archlinux.org/task/40309).

Merge pull request #73 from cardoe/rfa1-rfr2-pcint8

cores: Fix PCINT8 for ATmega128RFA1 and ATmega128RFR2

cores: Fix PCINT8 for ATmega128RFA1 and ATmega128RFR2

PCINT8 was previously not setup. Per the spec sheet it is on Port E pin
0.

flash: Add support for TEMPPAGE writing.

The proper way to write to flash on the AVR is to write
to the temp page and then write that temp page to flash.
This allows cancellation with the RWWSRE bit for clearing
out the temp page without writing it to flash.

This fixed a bug where the RWWSRE bit was being set in a
command, but the flash driver was improperly writing whatever
was in r0/r1 to the first address in the page, overwriting
what was already there. In reality, the code running on the
core was trying to just flush the temp page or unlock the read
while write section.

Merge pull request #72 from cardoe/rfr2

Support for ATmega128RFR2

cores: RFA1/RFR2 don't have Port A and Port C

The ATmega128RFA1 and ATmega128RFR2 don't actually have Port A and Port
C as IO pins.

cores: Add initial support for ATmega128RFR2

Add initial support for the ATmega128RFR2 which according to Atmel is a
drop in replacement for the ATmega128RFA1 however in real world testing
I have found this to not be entirely true. All of the changes (new
features) added to the R2 are not exposed with current simavr
peripherals so this file is identical to the A1 in simavr.

Clean up outdated comment

This comment is no longer true for any of the listed platforms so its
best to adjust the wording to what might be relevant to users

cores: Fix ADCH and ADCL to use defines for RFA1

No current release provides these defines however they are fixed in
avr-libc trunk and as such we should use them if they are available.

Merge pull request #71 from bsekisser/master-core-fixes-reductions

sim_core: fixes and reductions

sim_core: fixes and reductions

correct a few goofed up opcode descriptions.

get_d5 and get_r5: remove trailing slash on last macro line

add get_vd5: get_vd5 pulls in from get_d5 plus loads from register...
removes one definate instance of a possible double load, also
potentially removes double loads during tracing.

get_d5_b3 changed to get_vd5_b3: as all instances use the value of
reg d.  get_vd5_b3 pulls in from get_vd5.  reduces one definate
instance for potential of double loads and possibly reducing
the potential during tracing.

add get_vd5_b3_mask: two instances use b3 as a mask, get_vd5_b3_mask
pulls in from get_vd5_b3.

add get vh4_k8: get_vh4_k8 pulls in from get_h4_k8, removes the extra
line to pull in from the register...  removes possible double
load during tracing.

get_p2_k6 changed to get_vp2_k6: register load was moved into the macro
as both instances need the value loaded from the register pair.

add get_io5 and get_io5_b3mask: get io5_b3 and get_io5_b3mask pulls in
from get_io5...  most instances using get_io5_b3 take bit
number and use it as a mask, get_io5_b3mask does that by default.

get_o12: rcall and rjmp both left shift the value back before using
the offset...  the macro just calls for one less bit to be
shifted...  during trace we then make the extra shift as needed.

modified:   sim/sim_core.c

Merge pull request #67 from bsekisser/master-core-refactor-flags

sim_core: flag equations refactored.

Merge pull request #69 from bsekisser/master-core-ldi-labeling-misc

sim_core: add ldi, trace and labeling corrections.

sim_core: flag equations refactored.

Most flag equations have been refactored into flag group function
  blocks...  The core passes all provided tests in the tests folder
  and now most especially is able to pass the instruction test code.
  At the same time, the overall average cycles per instruction has
  ticked down.

modified:   sim/sim_core.c

sim_core: add ldi, labeling corrections.

in moving the majority of instructions to follow use of register
 macros, ldi was missed.

get_h4_k16() was incorrectly labeled where get_h4_k8() was intended
 as k is an 8 bit quantity not 16.

get_o_12() was changed to get_o12() following the convention set
 forth with the other macros.

several trace statements were missed during the conversion and fixed.

ORI was incorrecly labeled as ANDI in the description and corrected.

modified:   sim/sim_core.c

Merge pull request #68 from bsekisser/master-core-fix-rcall-cycles

sim_core: fix rcall instruction cycles...

sim_core: fix rcall instruction cycles...

Based on the instrtiming.elf code and checking the Avr Instruction
 Manual, RCALL was found to be producing incorrect cycle counts.

Atmega; 3, 16-bit pc; 4, 22-bit pc.

Fixed accordingly.

modified:   sim/sim_core.c

Merge pull request #64 from bsekisser/master-core-regmacro-descript

sim_core: reworked register macros and descriptor lines

Merge pull request #65 from cardoe/gdb-stub-update

Add some commands to the GDB stub

gdb: support reporting memory map locations

GDB wants to have knowledge of the RAM and flash regions of memory on
the chips. Since AVR is Harvard architecture, the RAM must begin at a
fake offset and per Atmel's docs that is 0x800000.

gdb: support qOffsets command

GDB will ask what offsets should be applied to the the text and data
sections. Since AVR is Harvard architecture so we need to apply an
offset for one of the regions universally, Atmel documents and uses
0x800000 for RAM so this makes that happen.

gdb: support qAttached command from debugger

When using avr-gdb on Ubuntu 12.04, this command is always sent
and we responded as if it was unsupported. Unfortunately avr-gdb on
Ubuntu 12.04 crashes when detaching from the process because it makes a
bad assumption somewhere, this will prevent the crash.

sim_core: reworked register macros and descriptor lines

reworked register macros and instruction descriptor lines to more
 closely follow avr data sheet insruction (and avr instruction wiki)
 references. register macro usage (with few exceptions) have been worked
 throughout the core to be more uniform and consistent.  most notably d
 is used nearly uniform throught the avr instruction set references,
 prior the core intermixed the usage of the opcode registers d and r
 notation.

lpm & elpm, trace bug fixed... tracing would always show lpm Z+ regardless of
 the actual operation performed...  more importantly than that, looking
 at the instruction data sheet reference, the relevant bit is bit 1
 in the opcode...  prior op was equal to opcode & 3 similar to ld/st
 instructions...  the original lpm checked for op == 1 and the
 reworked elpm checked for op == 3.  this has been corrected for
 both opcode implimentations by setting op to opcode & 1 and just
 using op to flag for post increment.

modified:   sim/sim_core.c

Merge pull request #63 from cardoe/flash-rampz-rww

Add support for a RWW section and fix problems with flashing and using RAMPZ

flash: add support for RWWSRE/RWWSB bits in SPMCR

The Self Program Memory Control Register (SPMCR) has a bit for enabling
the read while write section (RWWSRE). This is also used for clearing
the temporary page buffer that is used for page writing (PGWRT). The
read while write section busy (RWWSB) allows the application developer
to know when the RWW section is accessible and when programming of it
has completed.

This commit does not wire up the behavior but just allows the flash
structure to understand that it supports a RWW section.

megax8: Add missing define before including AVR hdr

mega48, mega88, and mega168 all share a common header and rely on their
platform to be defined prior to their headers being included.

16-bits is not large enough if using RAMPZ

The RAMPZ register allows the effective address to be up to 24-bit,
so a 16-bit variable is not large enough to hold it.

Support looking up the AVR_ROOT in /usr/local/avr

Merge pull request #61 from cardoe/pc-crash

Don't crash if PC is past the end of the flash section

core: set reasonably safe default for 'codeend'

Its reasonably safe to assume that 'codeend' can not be past 'flashend'
so that's a good default value.

core: don't crash if pc is past flash

If we somehow had bad code that pointed us past the end of the flash it
would segfault simavr rather than catching the bad case, this fixes and
that wraps the check in an unlikely() branch hint since its very
unlikely we will take that case.

add likely/unlikely branch hint macros

Provide likely/unlikely branch hinting macros.

cores: Added atmega169p

vcd: Traces now start in 'X' state

"Floating" state, until they are explicitely set by the firmware or
emulator

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

ioport: Add a pair of IRQs

Allows easy tracking of the PORT/PIN (when read) and DDR values as they
are written by the firmware.
Also reformatted in '2014' narrow style

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

ELF: Make sure the macro generater the correct value

You could pass constants over 8 bits in size, generating very confusing
values

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Merge pull request #60 from bsekisser/avr-timer-cancel-timer-rollup

avr_timer: roll up cancelation of timers into single function.

avr_timer: roll up cancelation of timers into single function.

modified:   sim/avr_timer.c

Merge pull request #59 from bsekisser/ld-st-rXYZ-bugfix

sim_core: Fix for issue #46, correction to ld {rXYZ}

cores: Fix mega2560

Added EIND, as per nnayo's. Also renamed the file to match the other
cores

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

test: Fix coroutine on old gcc

Removed traling colon. Fix issue #34

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

make: Allow override of root path

Allows inclusion of Makefile.common from out of tree.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Merge pull request #53 from nnayo/gdb_fault

fix gdb error message: Cannot remove breakpoints because program is no l...

Merge pull request #45 from cardoe/prototype-warning

Fix avr_global_logger_get() decl  to not warn.

Fix avr_global_logger_get() decl  to not warn

When using sim_avr.h with a project that uses -Wstrict-prototypes, you
will get a warning that the prototype for avr_global_logger_get() is not
valid. Functions that take no args must explicitly use void to not warn.

Merge pull request #56 from bsekisser/avr-timer-comp-write-ocr

avr_timer: changed avr_timer_write_ocr as part of larger avr_timer refac...

avr_timer: changed avr_timer_write_ocr as part of larger avr_timer refactor.

- changed avr_timer_write_ocr code to take pointer of relevant
   comparator structure rather than its parent timer.

- added _timer_get_comp_ocr which the modified avr_timer_write_ocr
function uses.

modified:   simavr/sim/avr_timer.c
modified:   simavr/sim/avr_timer.h

Merge pull request #54 from bsekisser/uart-udr-write-changes

uart: refactor uart udr write operation outside generic uart write.

cores: Add atmega2560

core: Handle EIND register

Parts with more than 128KB of flash need an extra byte on the stack
Rework from nnayo branch for the atmega2560

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

core: Removed trace crash macro

Made it a function instead.

Reworked from nnayo's commit

uart: refactor uart udr write operation outside generic uart write.

modified:   simavr/sim/avr_uart.c

fix gdb error message: Cannot remove breakpoints because program is no longer writable.

Merge pull request #50 from cardoe/atmega128rfa1

cores: add ATmega128RFA1 core

timers: Reformat

Cleanup the macros

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

cores: add ATmega128RFA1 core

This core is based on the ATmega1281 core per Atmel's documentation so
that was used as a starting point. No guarentees that the radio is wired
up correctly.

timers: Real fix

There were a couple of logic error in the previous commit, fixed,
hopefully.

simduino: Small fix

Not sure how this got commited, it was not compiling.

timers: New, faster implementation

Bullied by bsekisser into making this one ;-)

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

gdb: cleanup

Formatting, nothing functional.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Merge pull request #39 from ppd1990/makefile-threaded

Make Makefile safe for parallel compilation.

sim_core: correction to ld {rXYZ}

User supplied test seems to indicate that the avr writes data to
 the destination register AFTER updating the index register.
  whereas the core originally read the index register and
  immediately stored the result into the register and then wrote
  back the index register.

If the code used: LD XH, X test indicated XH would return the
 value loaded from the indirect load operation versus the updated
 XH:XL value as the core originally assumed.

modified:   sim/sim_core.c

Merge pull request #43 from cardoe/special-init-api

Extend special_init/special_deinit API

Extend special_init/special_deinit API

Its pretty common for callback style APIs to include a private pointer
to allow the user to pass in contextual data through the callback API
(see pthread_create for an example). This change adds that for
special_init() and special_deinit() which are designed as callbacks.
Effectively this behavior was used in the only two examples that used
those callbacks by having global variables, however globals are of
limited use for programs that might instantiate multiple avr cores.

Merge pull request #41 from nnayo/segfault

correct a segfault

Merge pull request #42 from nnayo/typo

fix typo

fix typo

correct a segfault

Make Makefile safe for parallel compilation.

Merge pull request #38 from ppd1990/megax-timer

Fix timer0 on megax MCUs. Stick to lowest common denominator (atmega8) i...

Fix timer0 on megax MCUs. Stick to lowest common denominator (atmega8) in terms of functionality.

Merge pull request #37 from ppd1990/atmega-icp

Correctly set timer1's ICP on atmega8, atmega16 and atmega32.

Correctly set timer1's ICP on atmega8, atmega16 and atmega32.

cores: m16 and m32 fix

Core struct declaration had a problem when the 'porta' was not declared.
Now declare it last, so it doesnt clash anymore.

core: renamed MCU section variable name

This was clashing with the command register

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

uart_pty: Fix the race condition

There had been a race condition in there for a rather long while,
I've finaly tracked it down to a small idiotic change of trying to
flush a buffer from the wrong thread.
Removing that flush makes it works properly as intended, without the
mutex.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

twi: Fix a clang error

clang doesn't like unused static functions at all.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

fifo: cleaned warnings and removed volatile

Should not need the volatile declaration anymore.
Also use the "unused" designation to prevent clang to complain
about unused static functions.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Merge remote-tracking branch 'thomasa88/feature/detect_avr_root' into dev-home

cores: Added atmega1284.c

That one has an extra timer, it seems.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

spi: Clear SPIF when writing to SPDR

The manual says the SPIF bit is cleared when accessing (i.e. reading _or_
writing) the SPDR register after an interrupt is raised. By clearing SPIF
on a write to SPDR, the following code starts to work:

   SPDR = 0xff; loop_until_bit_is_set (SPSR, SPIF);
   SPDR = 0x00; loop_until_bit_is_set (SPSR, SPIF);

(where the bytes are arbitrarily chosen). This didn’t work before as the
SPIF bit wasn’t cleared by the second write to SPDR, so the second loop
turned into a no-op. This caused the write timer for the first byte to be
overwritten by the write timer for the second. Consequently, the first byte
never got transmitted.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Merge remote-tracking branch 'pwithnalls/warning-fixes' into dev-home