ioport: Use IRQ_FLAG_FILTERED instead of manual filtering

Manual filtering could cause us to miss pin changes when data
is written to PINs while the port is set to input mode (and thus
the PORT register is not updated).

vcd_file: Update comment to reflect correct time units

timer: Avoid infinite cycle timer on TCNT write

In some situations, it was possible to enter an infinite cycle timer
loop. In avr_timer_tcnt_write, the tov cycle timer registration is not
protected and can register a timer with p->tov_cycles == 0.

The following atmega1280 program demonstrates this issue:

int main() {

TCCR1A = 0;
TCCR1B = (1<<WGM12) | (1<<ICES1);
OCR1B = OCR1A = 960;

/* Start */
TCNT1 = 0;
TCCR1B |= (1<<CS11);

/* Stop */
TCCR1B &= ~(1<<CS11);
TIFR1 |= (1<<OCF1A) | (1<<OCF1B);

/* Start */
TCNT1 = 0; /**< Registers timer with tov_cycles == 0. */
TCCR1B |= (1<<CS11);

while (1) ;
return 0;
}

io: Convert logging to AVR_LOG()

interrupts: Convert logging to AVR_LOG()

gdb: Convert logging to AVR_LOG()

elf: Convert logging to AVR_LOG()

cycle_timers: Convert logging to AVR_LOG()

core: Convert logging to AVR_LOG()

watchdog: Convert logging to AVR_LOG()

usb: Convert logging to AVR_LOG()

A couple of these functions did not have references to avr_t, so this is
incomplete.

uart: Convert logging to AVR_LOG()

UART stdout output was left as is.

lin: Convert logging to AVR_LOG()

flash: Convert logging to AVR_LOG()

eeprom: Convert logging to AVR_LOG()

bitbang: Convert logging to AVR_LOG()

adc: Convert logging to AVR_LOG()

timer: Remove trace_flags

All uses have been converted to AVR_LOG().

timer: Convert to logging to AVR_LOG()

core: Introduce a logging macro AVR_LOG()

This works in conjunction with avr->log to tune out messages we are not
interested in. LOG_ERROR is the default level.

run_avr: Add -v argument to raise verbosity level

Pass it more than once to raise it further. This works better with the
standard conventions, which would allow passing -vvv (instead of -v -v
-v). Unfortunately, this does not work here.

The type of avr->log has been altered to accomodate values up to 3.

cores: Move static to front of declaration

This fixes the two -Wold-style-declaration warnings reported by gcc with
-Wextra.

mega1280: Initialize UART 2 and 3

These definitions already existed but were not initialized.

mega1280: Add missing timers 4 and 5

These are 16-bit timers similar to Timer1 and Timer3.

core: Increase MAX_IOs for atmega1280

The atmega1280 uses IO registers up to an address of 0x136.
Set MAX_IOs to (0x136 - 0x20 + 0x01) = 279.

core: Don't sleep with pending interrupts

This avoids an issue in which we would incorrectly enter a state in
which the CPU was sleeping and interrupts were disabled. It occurred
when an interrupt was raised and a SLEEP instruction processed before
the interrupt could be serviced (due to pending wait).

There are several disadvantages: if somebody adds new code which
switches the CPU to sleeping, there's a good chance of them forgetting
to add this check. Preventing sleep even if the interrupt is masked is
probably harmless but incorrect. Finally, on a real AVR it _is_ possible
to trigger an interrupt and then go to sleep in the next instruction
before the interrupt is serviced.

I'd actually prefer fixing this by moving the CPU interrupt wakeup from
avr_raise_interrupt() to avr_service_interrupts(), but that requires
further changes to avoid sleeping during avr->run() while an interrupt
is about to be serviced.

cores: Set raise_sticky in TWI interrupt vectors

interrupts: Introduce raise_sticky flag

If set, the raise bit is not cleared in avr_clear_interrupt. This
corresponds to the hardware not clearing the interrupt flag when
executing the interrupt routine.

The only known example of this is the TWI Interrupt Flag TWINT.

interrupts: Do not clear raised bit twice

avr_regbit_clear is already called in avr_clear_interrupt.

twi: Correct swapped twi irq names

interrupts: Typo correction (pooling -> polling)

misc: Consistent include guards in headers

Changed all include guard defines to a consistent form and added them if
missing.

misc: Add extern "C" blocks to headers

Most headers already had these. This commit adds them where they weren't
included yet.

simavr: Do not call avr_terminate in run callbacks

Neither run_avr nor the examples expect avr_terminate to be called by
simavr itself.
This also caused issues for cleanup code (such as IRQ disconnections)
that did not know if avr_terminate had already been called or not.

irq: Print errors to stderr

Trying to (dis)connect an invalid IRQ is an error. Note that the
incorrect function name printed in avr_unconnect_irq has been corrected.

twi: Move avr_twi_irq_msg to avr_twi.c

This fixes inclusion of avr_twi.h into C++ files.

interrupts: Don't wake up if not sleeping

This caused the CPU to wake up even if it was explicitly set to
cpu_Stopped.

Makefile: Create .deb files using fpm

Handy way of creating debian packages quickly

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

examples: Correct instructions for timer_64led example

run_avr: Abort if firmware could not be read

Otherwise, simavr continues and tries to process whichever random memory
content is located in the flash memory section even when the file could
not be read.

examples: hd44780 responds on falling edge of E pin

The example itself works both ways, but the actual HD44780 chip
processes data on the falling edge - see the data sheet.

examples: Fix frequency of ac_input signal

The comment in ac_input.h specifies 50 Hz, but it was actually 500 Hz.

This off-by-one-zero error probably went unnoticed because of inaccurate
sleep handling (which was fixed in the previous commit).

simavr: Improved accuracy of sleep durations

This commit solves (or at least improves) an issue that occurs when
short sleep times are requested in avr_callback_sleep_*. The operating
system cannot accurately handle short sleep requests, and sending many
short requests takes significantly longer than requesting the equivalent
time in longer bursts. This can be observed by running the board_hd77480
example - the counter is much slower when vcd recording is turned on
(= short sleep requests) than when it is turned off (= long sleep
requests).

We improve this situation by accumulating sleep requests until a certain
minimum count of pending usecs is reached which can be handled somewhat
accurately (200 microseconds worked well for me).

gdb: Read/write SREG values correctly

Accessing SREG through gdb seems to have been broken since SREG is no
longer synthesized at each instruction (2f67001d). As a quick fix, make
SREG accessors public and use them in sim_gdb.

Note that invalid avr->sreg values no longer trigger the CRASH macro.

tests: Correct expected output of atmega88_uart_echo

Carriage return generation was added back to the file handler in
a26a2e43fc4b547090f3069e121713702593261d. Since the string is actually
passed through uart_putchar twice, the received string has a duplicate
'\r' character.

Merge pull request #4 from schuay/markdown_syntax

Markdown syntax

misc: Update repository URL in README

misc: Fix broken links in README.md

misc: Github markdown uses indentation to mark code blocks

misc: Minor wording changes in README.md

misc: Github markdown uses underscores to italicize words

Merge pull request #2 from schuay/watchpoints

Watchpoints

Merge pull request #3 from schuay/not_known

misc: Fix confusing typo in error message

misc: Fix confusing typo in error message

gdb: Use early termination in gdb_watch_find*

gdb: Implemented watchpoint handling

Per data access, we never signal more than one watchpoint. Possible
scenarios are several watchpoints at the same address (for example
WATCH_ACCESS and WATCH_WRITE) or overlapping watchpoint ranges. This is
not completely correct.

gdb: Store watchpoints in avr_gdb_t

For now, quietly assume that all watchpoints are located in SRAM (with
0x800000 offset).

gdb: Prepare watchpoints_t data structure

In preparation for the watchpoint implementation define an
avr_gdb_watchpoints_t struct to handle both. The struct is only accessed
through gdb_watch_* functions, therefore changing its internals should
be easy.

Note that this implementation cannot handle different watchpoints at the
same address with a different size.

The avr_gdb_watch_type enum is public and will be used in sim_core.c in
a follow-up commit.

Merge pull request #1 from schuay/master

Typos, mega1280 ADC channels

mega1280: Added upper ADC differential channels

misc: Fixed a couple of typos in comments

simavr: Makefile tweaks

Added install target too

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Makefile: Add a debug log

make V=1 will create a /tmp/simavr_conf.log to help find why
the cores won't compile

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: Deleted

Following the reprap board project on github

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Deleted example board

This as become a project in itself, it moves to:
https://github.com/buserror-uk/simreprap.git

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Added shadow mapping

Going to split this project into another one too..

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: Make & config tweaks

Now platform independent config headers
Also added a license

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3gl: Made c3gl_program_load public

Useful to reload shaders

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3gl_fbo: added depth texture

... which is different from the depth renderbuffer

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3program: Include digits in uniform names

Somehow they were missing

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3context: Calculate the view projection matrix

Turns out everything was there to do it

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3camera: Added a field-of-view

For calculating perspective matrix

reprap: Updated to reflects changes to libc3

New fbo layer, lights and so on

c3gl_fbo: New bits

Implement the framebuffer objects. It doesn't cover all the cases
but it'll help for now.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3gl: Implemements lights

Handles (some) fo the light parameters

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3texture: Added a resize() function

Changes the size of the display quad

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3program: can specify uniform order

By passing an array of names, these will occupy the uniform
array first, before the parsing phase populates the list

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3object: Implements 'hidden' objects

Objects and geometry can be hidden from specific c3context_views
using a bitfield

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3geometry: Added a set_dirty() function

Also dirties parent object

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3context: Make sure lights are 'drawn' first

Make sure the light pseudo geometries are always
at the top of the list

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3light: New bit

Records lights position/type and can be carried around
in the geometry, transformed etc.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3gl: Implemented buffer objects and vertex array objects

Supports vertex objects. Still need support for updating them

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3algebra: Added ortho matrices

Including screen oriented ones

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3geometry: Added geometry buffers

added storage fields for buffer objects

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: c_array tweaks

'free' no longer clears the entire struct, only generic
array fields
'realloc' frees the array if passed zero elements

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3context: Added a view draw callback

Unused for now, prepares a view to be drawn

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3geometry: Removed projected vertices

Now uses a world aligned transform matrix. Changed randering code
to use it. Still use a projection matrix for now.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3algebra: Added frustrum and full perspective

Replacements for glu stuff

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3camera: matrix contains the eye position

Moved stuff around and added the translation to eye coordinates
to the matrix.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

spi: Reset the SPI Interrupt Flag

Reset the SPI Interrupt Flag in SPSR uppon read of a SPI byte.

via sebastien.besombes@gmail.com
Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

uart: Made the stdio buffer non-static

Thanks to sebastien.besombes@gmail.com for the report

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

shared: Removed mongoose

It was never needed in the end

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Split arduidiot_pins for generic use

Returns a simavr irq for an arduinio pin (only for m644 for now)

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: remerged

Submodules are a bit sensitive, so I'm remerging this and will use
'git subtree' instead to split libc3 development

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

gitignore: Updated

Added custom build flags file

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

simduino: Updated readme

Since it now uses a pty directly

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Uses libc3gl too now

Moved generic code out

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Added support for indexed elements

And spheres

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

cores: Now duplicate the global structure

Strangely, it didn't, so you could not allocate 2 cores even tho nothing else
is there to stop it...

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: Update

Minor update

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>