core: Don't sleep with pending interrupts

This avoids an issue in which we would incorrectly enter a state in
which the CPU was sleeping and interrupts were disabled. It occurred
when an interrupt was raised and a SLEEP instruction processed before
the interrupt could be serviced (due to pending wait).

There are several disadvantages: if somebody adds new code which
switches the CPU to sleeping, there's a good chance of them forgetting
to add this check. Preventing sleep even if the interrupt is masked is
probably harmless but incorrect. Finally, on a real AVR it _is_ possible
to trigger an interrupt and then go to sleep in the next instruction
before the interrupt is serviced.

I'd actually prefer fixing this by moving the CPU interrupt wakeup from
avr_raise_interrupt() to avr_service_interrupts(), but that requires
further changes to avoid sleeping during avr->run() while an interrupt
is about to be serviced.

cores: Set raise_sticky in TWI interrupt vectors

interrupts: Introduce raise_sticky flag

If set, the raise bit is not cleared in avr_clear_interrupt. This
corresponds to the hardware not clearing the interrupt flag when
executing the interrupt routine.

The only known example of this is the TWI Interrupt Flag TWINT.

interrupts: Do not clear raised bit twice

avr_regbit_clear is already called in avr_clear_interrupt.

twi: Correct swapped twi irq names

interrupts: Typo correction (pooling -> polling)

misc: Consistent include guards in headers

Changed all include guard defines to a consistent form and added them if
missing.

misc: Add extern "C" blocks to headers

Most headers already had these. This commit adds them where they weren't
included yet.

simavr: Do not call avr_terminate in run callbacks

Neither run_avr nor the examples expect avr_terminate to be called by
simavr itself.
This also caused issues for cleanup code (such as IRQ disconnections)
that did not know if avr_terminate had already been called or not.

irq: Print errors to stderr

Trying to (dis)connect an invalid IRQ is an error. Note that the
incorrect function name printed in avr_unconnect_irq has been corrected.

twi: Move avr_twi_irq_msg to avr_twi.c

This fixes inclusion of avr_twi.h into C++ files.

interrupts: Don't wake up if not sleeping

This caused the CPU to wake up even if it was explicitly set to
cpu_Stopped.

Makefile: Create .deb files using fpm

Handy way of creating debian packages quickly

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

examples: Correct instructions for timer_64led example

run_avr: Abort if firmware could not be read

Otherwise, simavr continues and tries to process whichever random memory
content is located in the flash memory section even when the file could
not be read.

examples: hd44780 responds on falling edge of E pin

The example itself works both ways, but the actual HD44780 chip
processes data on the falling edge - see the data sheet.

examples: Fix frequency of ac_input signal

The comment in ac_input.h specifies 50 Hz, but it was actually 500 Hz.

This off-by-one-zero error probably went unnoticed because of inaccurate
sleep handling (which was fixed in the previous commit).

simavr: Improved accuracy of sleep durations

This commit solves (or at least improves) an issue that occurs when
short sleep times are requested in avr_callback_sleep_*. The operating
system cannot accurately handle short sleep requests, and sending many
short requests takes significantly longer than requesting the equivalent
time in longer bursts. This can be observed by running the board_hd77480
example - the counter is much slower when vcd recording is turned on
(= short sleep requests) than when it is turned off (= long sleep
requests).

We improve this situation by accumulating sleep requests until a certain
minimum count of pending usecs is reached which can be handled somewhat
accurately (200 microseconds worked well for me).

gdb: Read/write SREG values correctly

Accessing SREG through gdb seems to have been broken since SREG is no
longer synthesized at each instruction (2f67001d). As a quick fix, make
SREG accessors public and use them in sim_gdb.

Note that invalid avr->sreg values no longer trigger the CRASH macro.

tests: Correct expected output of atmega88_uart_echo

Carriage return generation was added back to the file handler in
a26a2e43fc4b547090f3069e121713702593261d. Since the string is actually
passed through uart_putchar twice, the received string has a duplicate
'\r' character.

Merge pull request #4 from schuay/markdown_syntax

Markdown syntax

misc: Update repository URL in README

misc: Fix broken links in README.md

misc: Github markdown uses indentation to mark code blocks

misc: Minor wording changes in README.md

misc: Github markdown uses underscores to italicize words

Merge pull request #2 from schuay/watchpoints

Watchpoints

Merge pull request #3 from schuay/not_known

misc: Fix confusing typo in error message

misc: Fix confusing typo in error message

gdb: Use early termination in gdb_watch_find*

gdb: Implemented watchpoint handling

Per data access, we never signal more than one watchpoint. Possible
scenarios are several watchpoints at the same address (for example
WATCH_ACCESS and WATCH_WRITE) or overlapping watchpoint ranges. This is
not completely correct.

gdb: Store watchpoints in avr_gdb_t

For now, quietly assume that all watchpoints are located in SRAM (with
0x800000 offset).

gdb: Prepare watchpoints_t data structure

In preparation for the watchpoint implementation define an
avr_gdb_watchpoints_t struct to handle both. The struct is only accessed
through gdb_watch_* functions, therefore changing its internals should
be easy.

Note that this implementation cannot handle different watchpoints at the
same address with a different size.

The avr_gdb_watch_type enum is public and will be used in sim_core.c in
a follow-up commit.

Merge pull request #1 from schuay/master

Typos, mega1280 ADC channels

mega1280: Added upper ADC differential channels

misc: Fixed a couple of typos in comments

simavr: Makefile tweaks

Added install target too

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Makefile: Add a debug log

make V=1 will create a /tmp/simavr_conf.log to help find why
the cores won't compile

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: Deleted

Following the reprap board project on github

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Deleted example board

This as become a project in itself, it moves to:
https://github.com/buserror-uk/simreprap.git

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Added shadow mapping

Going to split this project into another one too..

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: Make & config tweaks

Now platform independent config headers
Also added a license

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3gl: Made c3gl_program_load public

Useful to reload shaders

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3gl_fbo: added depth texture

... which is different from the depth renderbuffer

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3program: Include digits in uniform names

Somehow they were missing

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3context: Calculate the view projection matrix

Turns out everything was there to do it

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3camera: Added a field-of-view

For calculating perspective matrix

reprap: Updated to reflects changes to libc3

New fbo layer, lights and so on

c3gl_fbo: New bits

Implement the framebuffer objects. It doesn't cover all the cases
but it'll help for now.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3gl: Implemements lights

Handles (some) fo the light parameters

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3texture: Added a resize() function

Changes the size of the display quad

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3program: can specify uniform order

By passing an array of names, these will occupy the uniform
array first, before the parsing phase populates the list

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3object: Implements 'hidden' objects

Objects and geometry can be hidden from specific c3context_views
using a bitfield

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3geometry: Added a set_dirty() function

Also dirties parent object

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3context: Make sure lights are 'drawn' first

Make sure the light pseudo geometries are always
at the top of the list

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3light: New bit

Records lights position/type and can be carried around
in the geometry, transformed etc.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3gl: Implemented buffer objects and vertex array objects

Supports vertex objects. Still need support for updating them

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3algebra: Added ortho matrices

Including screen oriented ones

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3geometry: Added geometry buffers

added storage fields for buffer objects

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: c_array tweaks

'free' no longer clears the entire struct, only generic
array fields
'realloc' frees the array if passed zero elements

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3context: Added a view draw callback

Unused for now, prepares a view to be drawn

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3geometry: Removed projected vertices

Now uses a world aligned transform matrix. Changed randering code
to use it. Still use a projection matrix for now.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3algebra: Added frustrum and full perspective

Replacements for glu stuff

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

c3camera: matrix contains the eye position

Moved stuff around and added the translation to eye coordinates
to the matrix.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

spi: Reset the SPI Interrupt Flag

Reset the SPI Interrupt Flag in SPSR uppon read of a SPI byte.

via sebastien.besombes@gmail.com
Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

uart: Made the stdio buffer non-static

Thanks to sebastien.besombes@gmail.com for the report

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

shared: Removed mongoose

It was never needed in the end

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Split arduidiot_pins for generic use

Returns a simavr irq for an arduinio pin (only for m644 for now)

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: remerged

Submodules are a bit sensitive, so I'm remerging this and will use
'git subtree' instead to split libc3 development

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

gitignore: Updated

Added custom build flags file

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

simduino: Updated readme

Since it now uses a pty directly

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Uses libc3gl too now

Moved generic code out

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Added support for indexed elements

And spheres

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

cores: Now duplicate the global structure

Strangely, it didn't, so you could not allocate 2 cores even tho nothing else
is there to stop it...

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: Update

Minor update

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: Few more updates

c3context can have several viewpoints
c3context has a list of c3programs
c3camera got renamed with standard type names
c3context/c3geometry driver got a dispose callback

gl code has a new generic glsl program loader

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

libc3: Added c3program

To load shader(s)

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: c_utils updates

Added a fre accessors

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

uart_pty: Add CR/LF conversion to the tap

Make sure whst we type is converted too

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Implemented the 'heatpot'

Somehow raise a temperature using a score, reduces it automatically etc

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

uart_pty: Introduced the notion of 'tap' port

The previous way to debug was 'stealing' the port by using an xterm on it..
the new way leaves the proper pty available to the application you want to use
but still allow you to have a 'tap' port that sees both the sides of the
communication om the other pty.

You can also type stuff obviously, and it does some cr/lf conversions.

/tmp/simavr-uart0 : will be the normal fake serial port
/tmp/simavr-uarttap0 : is the one to launch an xterm on

This allow you to really see the serial traffic as it happends with both
requests and replies.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Compatibility with OSX

The shader now works on both platform
Removed the .bin file, made sure it never happends again

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: c3 update etc

probably last update befire I spin it out

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Delete mongoose

Don't need that anymore

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

core: Cycle timer small fix

Makes it better on threaded GL on OSX

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: c3 update

Also:
freenode group verification: token jkndwaw234

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

cores: New avr-libc fixes

New debian avr-libc has actually deprecated register names, unfortunately
the other distros will catchup in 4 years or so, so we still have to
reactivate them .

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

usb: Fix for new compiler

Progmem now need 'const'. Also fixed the makefile

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: Steppers use proper logic

For underflow detection, instead of using a signed value

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Makefile: Use CPPFLAGS for -I stuff

CFLAGS is for code generation

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Makefile: Include a .make.options if present

A file .make.options will be loaded if present. It allows specifyong host
dependent flags without polluting the makefile, or use flags that wont work
on all hosts.
My current one contains:

export CC = clang
export CFLAGS = -march=corei7-avx

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: c3 documentation

Some documentation. c2 is probably going to be spin out soon

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

clang: Fixes of warning and nasty bugs

XCode 4.3 & clang fixes. Should also apply to BSD

Found a nasty bug in clang with sign bit propagation

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

misc: Fixes clang warnings

And it found some genuine bugs too

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

Makefiles: Tweaked to build using clang/llvm

Converted makefiles and tweaked to make it all work with clang etc.

Welcome to the future!

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: c3 stl loader

Quick'n Dirty STL file loader, and added a small model doe the nozzle.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: c3 update

Allows having a custom callback set for geometries

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

gdb: Fixed a warning

-Wall being pedantic

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

reprap: c3 update

Added tons of stuff to the micro-scene-graph 3D code.

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>

make: Tweaks for freebsd

Use pkg-config if possible, don't use alloca()

Signed-off-by: Michel Pollet <buserror@gmail.com>